一、準備室
準備室用于配制培養基和樣品處理等。室內設有試劑柜、存放器具或材料的專柜、實驗臺、電爐、冰箱和上下水道、電源等。
二、洗滌室
洗滌室用于洗刷器皿等。由于使用過的器皿已被微生物污染，有時還會存在病原微生物。因此，在條件允許的情況下，最好設置洗滌室。室內應備有加熱器、蒸鍋，洗刷器皿用的盆、桶等，還應有各種瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
三、滅菌室
滅菌室主要用于培養基的滅菌和各種器具的滅菌，室內應備有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設備及設施。
四、無菌室
無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。
1、無菌室內設備和用具
（1）無菌室內的工作臺，不論是什么材質、用途的，都要求表面光滑和臺面水平。
（2）在內室和外室各安裝一個紫外燈（多為30W）。內室的紫外線燈應安裝在經常工作的座位正上方，離地面2m，外室的紫外線燈可安裝在外室中央。
（3）外室應有專用的工作服、鞋、帽、口罩、盛有來蘇兒水的瓷盆和毛巾、手持噴霧器和5%石炭酸溶液等。
（4）內室應有酒精燈、常用接種工具、不銹鋼制的刀、剪、鑷子、70%的酒精棉球、工業酒精、載玻璃片、特種蠟筆、記錄本、鉛筆、標簽紙、膠水、廢物筐等。
2、無菌室的滅菌消毒
（1）薰蒸：這是無菌室徹底滅菌的措施。無菌室使用了較長時間，污染比較嚴重時，應進行薰蒸滅菌。可用甲醛、乳酸或硫磺薰蒸。
（2）噴霧：在每次使用無菌室前進行。噴霧可促使空氣中微粒及微生物沉降，防止桌面、地面上的微塵飛場，并有殺菌作用。可用5%石炭酸噴霧。
（3）紫外線照射：在每次使用無菌室前進行。紫外線有較好的殺菌效果。通常應開啟紫外線燈照射30～60min。
3、培養室內設備及用具
（1）內室通常配備培養架和搖瓶機（搖床）。常用的搖瓶機有旋轉式、往復式兩種。
（2）外室應有專用的工作服、鞋、帽、口罩、手持噴霧器和5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。
（3）培養室的滅菌、消毒。
五、同無菌室的滅菌、消毒措施。
小規模的培養可不啟用恒溫培養室，而在恒溫培養箱中進行。
進行微生物的觀察、計數和生理生化測定工作的場所。室內的陳設因工作側重點不同而有很大的差異。一般均配備實驗臺、顯微鏡、柜子及凳子。實驗臺要求平整、光滑，實驗柜要足以容納日常使用的用具及藥品等。
六、實驗室其他要求
水、電、氣等的容量、布設、性能均應滿足實驗室工作的需要。
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